Пцр расшифровка аббревиатуры

Пцр расшифровка аббревиатуры

Полимеразно-цепная реакция (ПЦР) – это одно из самых ярких достижений в сфере молекулярной биологии. Метод получил широчайшее распространение в разных областях науки. Благодаря очень высокой специфичности и чувствительности, метод ПЦР применяется в медицине, биологии, ветеринарии, криминалистике, санитарной службе и других отраслях деятельности человека.
Для анализа методом ПЦР можно использовать любые биологические материалы, которые содержат нуклеиновые кислоты (молекулу ДНК или РНК).

Принцип ПЦР- исследования

У каждого живого существа, по крайней мере, на нашей планете, есть уникальный «отпечаток» — ДНК (дезоксирибонуклеиновая кислота), которая отвечает за передачу наследственных факторов от предков к потомкам. Структурно эта молекула представляет собой две нити из молекул-азотитых оснований, удерживаемые рядом друг с другом химическими связями и скрученные в спираль (считается, что для компактности). Из курса биологии вы можете помнить такие названия, как аденин (А), гуанин (Г), тимидин (Т) и цитозин (ц). Это 4 нуклеотида, которые и создают последовательность ДНК. Вирусы хранят свою генетическую информацию в другой нуклеиновой кислоте – РНК.
Информация об уже изученных ДНК и РНК хранится в научных базах лабораторий. После того, как был изобретен метод ПЦР, для многих возбудителей различных заболеваний (бактерии, грибки и вирусы) были созданы свои специфические генетические детекторы (праймеры) — уникальные последовательности нуклеотидов, характерных только для конкретного возбудителя. И если поместить их в пробирку с исследуемым материалом, при наличии в нем ДНК или РНК «живых» возбудителей, праймеры запускают реакцию репликации – создания огромного числа копий, которое можно идентифицировать визуально. Т.е. они начинают копировать свою ДНК/РНК десятки раз.
И при подсчете результатов сотрудники лаборатории могут понять, есть ли искомые бактерии и вирусы в исследуемом образце, или нет, именно поэтому результаты ПЦР чаще всего качественные, т.е. «обнаружено» или «не обнаружено».

Кому мы обязаны появлением метода ПЦР?

Со слов американского биохимика Керри Мюллиса (Kary Mullis), идея идентифицировать живые организмы по короткому участку их генетического кода (ДНК) пришла ему в голову в 1983 году, по пути с работы домой. А в основе этой идеи, лежала работа другого американского биохимика, Артура Корнберга (Arthur Kornberg), которая в свое время не нашла отклика у научного сообщества.

Керри допустил возможность того, чтобы взять молекулу ДНК какого-либо организма, с помощью высокой температуры «распустить» ее спираль на две нити, специфическими маркерами-праймеры пометить уникальные для этого микроорганизма участки ДНК и затем, применив фермент ДНК-полимеразу, создать из двух нитей две новые молекулы ДНК. Но уже содержащие в себе меченные праймеры. И потом останется просто искать эти участки в диагностическом материале.

В итоге, корпорация CETUS, в которой работал Мюлис, выделила ему команду ученых. И в 1985 году, в издании Американского общества генетики человека, появилась публикация с теоретическим обоснованием ПЦР, как метода идентификации генетического материала живых организмов.

Как это все происходит в лаборатории

Выделение ДНК

Сначала пробу биологического материала подготавливают: центрифугируют, осаждают и т.д. Затем лаборантам необходимо выделить ДНК из полученного биологического концентрата.
Амплификация (увеличение числа копий ДНК)
Важнейший этап исследования. Проводится в термоциклере и именно здесь проходят все процессы, подпадающие под определение полимеразно-цепная реакция: денатурация, отжиг, элонгация.
Денатурация
Самый первый этап – развернуть (денатурировать) нуклеиновые кислоты, чтоб сделать их доступными для дальнейшей работы. Осуществляется путем нагрева реакционной смеси до 80-90 °C.
Отжиг
Денатурированные (распущенные) ДНК/РНК обрабатывают праймерами — изготовленными в лабораторных условиях коротенькими цепочками нуклеиновых кислот. Благодаря запрограммированному участку, праймеры прикрепляются только к тем нуклеиновым кислотам, для которых были созданы. Например, праймер для вируса простого герпеса 1 типа, никогда не свяжется с ДНК другого вируса, микроорганизма или клетки.
Именно праймеры обусловливают крайне высокую специфичность ПЦР – способность реагировать только на нуклеиновые молекулы конкретных типов, видов классов и даже штаммов микроорганизмов. Или отдельные виды клеток живых организмов.

Элонгация

Или синтез. После завершения процесса отжига, в реакционной смеси создают условия для активности полимеразы. Фермент, ориентируясь на молекулы праймеров (а не исходных нуклеиновых кислот), начинает синтез новых ниток ДНК/РНК. Которые становятся копиями исходных, искомых молекул нуклеиновых кислот.
Такой температурный цикл проводится 30 и более раз. В результате, даже при изначально небольшом количестве искомого генетического материала, в реакционной смеси накапливается значительное число «помеченных» праймерами нуклеиновых кислот (растет экспоненциально, с удвоением при каждом цикле).Обнаружить большие количества ДНК/РНК намного проще, за счет чего реализуется еще одно преимущество ПЦР – высочайшая чувствительность.

Детекция

Оценка результатов ПЦР проводится несколькими путями:

  1. Электрофорез в вязкой среде. Суть в том, что ДНК/РНК заряжены электрически и движутся к одному из электродов. В среду (агар или полиакридный гель) добавляют краситель ДНК (например – бромистый этидий). В процессе сеанса электрофореза, молекулы нуклеиновых кислот движутся и формируют скопления, подкрашенные этидием. Под ультрафиолетом, это выглядит в виде полосок разной толщины и яркости.
  2. Метод гибридизации. Используются праймеры, заранее помеченные люминофором (флуорофором). После нужного числа температурных циклов, применяют специальный прибор – детектор флюоресценции. За счет того, что в образец можно добавлять флуорофоры для разных мишеней (они будут и светиться под ультрафиолетом разным цветом), метод гибридизации подходит для диагностики сразу нескольких мишеней в одном образце.
  3. ПЦР диагностика в реальном времени (real-time PCR). Отличается тем, что детекция проводится прямо в процессе амплификации. Для этого нужны зонды-люминофоры (из предыдущего пункта) и специальные приборы ДНК-амплификаторы. Эти устройства оценивают нарастание яркости люминофора после каждого температурного цикла и впоследствии, вычисляют исходное число искомых нуклеиновых кислот в образце.
Читайте также:  Хламидии лейкоциты

Электрофорез и гибридизация подходят только для качественной оценки, то есть дают ответ на вопрос, есть ли в образце искомый материал. ПЦР в реальном времени – единственный доступный метод количественной оценки.
Если мишеней для праймеров в образце не окажется, то температурные циклы пройдут в холостую и при детекции будет получен отрицательный результат.

Преимущества методики ПЦР

Всего разработано более 10 разных методик амплификации, применяемых лабораториями в зависимости от исходных условий и поставленных целей.
Общим для них есть высокая чувствительность (для положительного результата достаточно 40 (!) или менее искомых копий ДНК в 1 мл образца, то есть вероятность ложноотрицательного ответа ничтожно мала. И очень высокая специфичность: вероятность ложноположительного ответа составляет менее 1%.
Но точность результатов сильно зависит от качества сбора диагностического материала, тщательного соблюдения всех технических требований к каждому этапу и качеству оборудования, расходных материалов (буфера, праймеров, раствора для отмывки и т.д.).

Области применения в медицине

В дерматовенерологии ПЦР используют для выявления венерических заболеваний: микоплазменной, хламидийной инфекций, сифилиса, генитального герпеса и др.
Инфекционисты активно используют ПЦР для диагностики туберкулеза, ВИЧ, вирусных гепатитов, герпеса, мононуклеоза, вируса Эпштейн-Барр и др.). А с помощью ПЦР в реальном времени, оценивая вирусную нагрузку, врачи могут составить мнение о динамике заболевания, отклике на лечение, что особенно актуально для пациентов с ВИЧ, принимающих терапию.
Также благодаря ПЦР врачи могут в течение нескольких дней с уверенностью идентифицировать коклюш и паракоклюш, выявить возбудителей эпидемии ОРВИ. Уточняются типы вируса гриппа, циркулирующие на определенной территории, на основании чего появляется возможность разработать эффективную вакцину для каждого сезона гриппа.
В течение суток или быстрее можно установить вид возбудителя кишечной инфекции, а значит – назначить адекватное лечение и обнаружить вероятный источник заражения.
Летом, ПЦР актуальна для диагностики заболеваний, передаваемых иксодовыми клещами: боррелиоза (болезни Лайма), клещевых энцефалитов.
Метод позволяет работать с любым биологическим материалом. Гемотрансмиссивные инфекции (сифилис, ВИЧ, гепатиты, боррелиоз) исследуются по пробе венозной крови или спинномозговой жидкости. Кожные болезни (герпес, грибки) – по соскобу с пораженного участка. Венерические и урологические – по образцу мочи, спермы, влагалищного отделяемого.
Так что в медицине, ПЦР применяется везде, где нужна высокая точность и быстрота получения результатов.

Лабораторные исследования, выполняющиеся методом ПЦР:

Результаты ПЦР и особенности их расшифровки интересуют многих людей, чьим диагнозом является подозрение на ЗППП.

Как отмечают доктора, метод обладает высокой результативностью и минимальным процентом ошибок. Поэтому зачастую используется как контрольный в диагностике инфекционных процессов.

В чем состоит суть ПЦР методики, хотят знать больные люди, и благодаря чему обеспечивается высокая вероятность получения верных результатов. Как расшифровываются полученные итоги, и есть ли связь между этим методом и другими способами диагностики?

  • Суть метода ПЦР
  • Какие материалы можно использовать для ПЦР
  • Что значит положительный результат ПЦР
  • Что значит отрицательный результат ПЦР
  • Кто из докторов выполняет расшифровку результатов ПЦР
  • Когда показатели ПЦР становятся положительными после заражения
  • Вид бланка анализов на ПЦР
  • Вероятность ошибочных итогов при ПЦР
  • Связь ПЦР с другими методиками

Суть метода ПЦР

ПЦР-методика – исследование, используемое довольно широко в современном мире. Диагностика позволяет поставить диагноз не только при инфекционных процессах, но и при генетических патологиях, некоторых онкологических недугах. Изначально ПЦР изобреталась не для применения в медицине.

В отрасль здравоохранения метод пришел из области молекулярной биологии, в которой активно использовался после своего открытия. Ученый, создавший ПЦР, получил нобелевскую премию.

Прежде чем разбираться, как расшифровывать результаты анализов ПЦР, необходимо понять, в чем основная суть методики.

На самом деле на словах все выглядит довольно просто. У пациента берется биологический материал. Затем он обрабатывается особым образом с помощью специальных химических реагентов.

Затем получившуюся смесь помещают в особую машину, которая проводит процесс амплификации. То есть многократного умножения определенных фрагментов ДНК или РНК, что удалось выявить с помощью добавления реагентов.

Когда процесс амплификации подойдет к концу, доктору остается только идентифицировать полученные результаты, чтобы поставить верный диагноз.

Главное – проявить внимательность на этапе идентификации. Но учитывая, что сегодня большую часть работы делает компьютер, все сильно упрощается.

ПЦР отличается высокой эффективностью. Ее широко применяют для того, чтобы определять наличие в организме скрытых инфекционных процессов, которые не дают положительных серологических реакций. Также скрытые инфекции обычно нельзя выявить с помощью посева или микроскопии. Поэтому зачастую ПЦР – единственный достоверный способ постановки диагноза в этом случае.

Какие материалы можно использовать для ПЦР

Часто удачность исследования зависит от того, как и какой материал брался для выполнения анализа. Однако в случае с полимеразной цепной реакцией расшифровка результатов ПЦР исследований мало зависит от биологического материала, который брался у пациента. Гораздо большее значение имеет подготовка к обследованию с помощью метода.

Читайте также:  Поможет ли элькар набрать вес ребенку

В качестве материала могут служить:

  • кровь, сдаваемая в соответствии со стандартными рекомендациями из вены на локтевом сгибе
  • мокрота, собираемая при откашливании
  • налет с ротовой полости, собираемый доктором в утреннее время, пока пациент еще не завтракал и не чистил зубы
  • мазок с половых органов, дающий хорошие результаты в том случае, если больной не мочился в течение нескольких часов, отказывался от сексуальных контактов несколько дней и соблюдал ряд других рекомендаций
  • исследование мочи, при котором биоматериал также предпочтительно собирать с утра, не проводя накануне гигиену половых органов
  • биоптаты органов или тканей, получаемые с помощью специальных инструментов и др.

Как отмечают врачи, материалом для ПЦР может быть совершенно любая жидкая среда организма человека.

При выборе главное помнить о том, что предпочтение отдают той среде, где с большей долей вероятности будет присутствовать возбудитель. Например, при половых инфекциях целесообразнее брать мазок с половых органов или кровь, чем мазок из ротовой полости.

Решать вопрос о том, какие материалы используются для получения результатов ПЦР в том или ином случае, лучше всего с лечащим врачом на приеме. Доктор сделает оптимальный выбор, исходя из предполагаемого у пациента заболевания.

Что значит положительный результат ПЦР

ПЦР – метод, который может похвастаться своей высокой специфичностью.

Предположим, доктор поставил себе цель обнаружить какой-то патогенный микроорганизм в теле пациента. И если тот на самом деле присутствует в теле, он будет обнаружен. При этом спутать его с каким-либо другим патогеном благодаря уникальному коду ДНК будет невозможно.

Если ПЦР положительный, значит, в организме с вероятностью почти в 100% находится возбудитель, поиск которого проводился врачом. Ведь методика рассчитана, в отличие от многих других диагностических методов, именно на поиск самих возбудителей, а не их следов.

Как отмечают доктора, при данном исследовании вероятность случайно принять один возбудитель за другой сводится к нулю. Зато существует вероятность получения положительных результатов после терапии.

Если в организме будут оставаться обломки нуклеиновых кислот. Однозначно положительной реакция чаще всего бывает, если пациент предъявляет жалобы на какие-то конкретные симптомы инфекционного процесса. Причем результат будет сохраняться даже в течение нескольких месяцев после того, как возбудитель будет полностью побежден и удален из организма.

Что значит отрицательный результат ПЦР

Если ПЦР результат отрицательный, значительное число пациентов автоматически считают, что они здоровы. Это практически правильное решение.

Ведь если итоги оказались отрицательными, значит фрагменты патогенного микроорганизма не были определены тест-системой. Из этого следует логичный вывод, что микроорганизма в теле нет.

Однако стоит учитывать, что несмотря на всю свою высокую чувствительность и специфичность, методика имеет определенный порог чувствительности. Если концентрация возбудителя на момент обследования не переходит границу этого порога, результат будет расцениваться, как отрицательные. Хотя на самом деле окажется ложным до поры до времени.

Доктора акцентируют особое внимание на том, что отрицательный результат не всегда означает отсутствие патологии. Чтобы на 100% быть уверенным в своем здоровье, пройти исследование повторно рекомендуется через несколько недель, а порой и месяцев.

Кто из докторов выполняет расшифровку результатов ПЦР

Часто среди пациентов звучит вопрос о том, какой врач будет проводить расшифровку ПЦР исследования.

В первую очередь необходимо запомнить, что доверять результаты стоит тому же медицинскому работнику, что первоначально давал направление на исследование. Связана эта рекомендация с тем, что в этом случае доктор будет представлять себе, что он ожидает увидеть в анализах. Сможет грамотно интерпретировать итоги, соотнося их с клинической картиной.

Получить направление наиболее часто можно от уролога, гинеколога или венеролога. Соответственно, после получения итогов относить бланк с результатами стоит кому-то из них. Важно помнить, что ПЦР – довольно дорогой метод диагностики. Его не принято использовать просто так, без специальных показаний к обследованию.

Среди них:

  • появление специфических для ЗППП симптомов
  • обследование перед планированием беременности или процедурой искусственного оплодотворения
  • поиск причин бесплодия и другие показания

Когда показатели ПЦР становятся положительными после заражения

Часто пациенты задают на приеме у медицинского работника вопрос о том, когда результаты ПЦР крови и мазков становятся положительными после заражения. Все зависит от того, насколько быстро конкретная инфекция сможет, размножаясь, пройти пороговую для теста концентрацию в материале.

Преимуществом ПЦР является то, что порог чувствительности у теста довольно низкий. Это значит, что выявить признаки заражения можно даже в том случае, если количество возбудителя в биологическом материале будет минимальным.

Подобная особенность дает возможность постановки диагноза даже в период инкубации, когда симптомы еще полностью отсутствуют.

Однако осечка возможна и при применении ПЦР методики. Это происходит, например, если пороговая концентрация все же не успела достичь определяемых тестом значений. В этом случае велика вероятность получения далеких от правды результатов.

Вид бланка анализов на ПЦР

Вопрос о том, как выглядит бланк результатов анализов ПЦР, весьма актуален.

Как отмечают доктора, ничего сложного во внешнем виде бумаги нет. Зачастую на документе можно обнаружить название искомого возбудителя. А напротив него пометку «обнаружен» или «не обнаружен».

В первом случае пациенту рекомендуется озаботиться собственным здоровьем. Так как анализ расценивается как положительный, а человек, как зараженный. Следовательно, ему требуется терапия.

Читайте также:  Пневмоторакс легкого симптомы

Во втором случае чаще всего состояние пациента оценивают, как здоровое, хотя могут быть и исключения. Важно помнить, что количество возбудителей, указанных на бланке, зависит во многом от того, какое конкретно вид анализа применялся.

Если проводился поиск только одного патогенного микроорганизма, в результате будет фигурировать только его название с соответствующей пометкой. Если ПЦР проводилось сразу на несколько инфекций, что тоже возможно, в бланке будет список патологий с пометками.

Сегодня в лабораториях при комплексном анализе на группу инфекций не принято выдавать на каждый патогенный микроорганизм отдельный бланк. Их все указывают на одном листе.

Вероятность ошибочных итогов при ПЦР

Часто пациенты интересуются вопросом о том, возможно ли получение ложных результатов обследования при использовании методики. К сожалению, как отмечают врачи, ошибки хоть и редко, но случаются.

Существует, например, вероятность получить ложноположительные результаты ПЦР сразу после лечения. Объясняется это очень просто.

Терапия уже окончена, возбудитель удален из организма и не может заражать новые ткани. Однако остатки ДНК или РНК еще могут циркулировать в крови или ином диагностическом материале. В этом случае тест-система будет улавливать их и воспринимать за полноценную патологию, выдавая ложноположительный итог.

Именно поэтому рекомендуется после терапии сдавать исследование несколько раз с разными промежутками времени. Только в этом случае итоги будут достаточно объективными.

Ложноотрицательные результаты анализов ПЦР после приема антибиотиков также возможны. Происходит это в том случае, если пациент, неверно используя препараты антибактериального ряда, смазал симптомы болезни.

Не позволил микроорганизму активно размножаться в теле, но при этом и не довел его уничтожение до конца. В этом случае количество возбудителей может упасть ниже пороговой концентрации чувствительности. Это и даст неверные результаты тестирования.

Связь ПЦР с другими методиками

С помощью метода ПЦР доктора нередко подтверждают или, напротив, опровергают результаты других методов обследования, используемых для диагностики ИППП.

Например, с этой целью может использоваться ИФА.

Бывает так, что ПЦР отрицательный, а ИФА положительный. Тогда больной оказывается в замешательстве относительно своего состояния.

Доктора рекомендуют не теряться, а сначала провести оба теста повторно. Если ИФА останется положительным, а ПЦР отрицательным, с большой вероятностью заболевание в организме пациента отсутствует.

Ведь иммуноферментный анализ направлен на реакцию антиген-антитело. И порой может принимать сходные по структуре антигены других возбудителей за искомый, выдавая ложноположительные результаты.

Вероятность того, что ИФА дало верный результате на второй раз, а ПЦР, напротив, выдало ошибку, например, из-за низкого титра возбудителя, сведена к минимуму. Это скорее казуистика, чем реальная клиническая практика.

Результаты ПЦР диагностики обладают высокой ценностью в диагностике большого количества различных патологий. В первую очередь методика является незаменимой при подозрении на различные ЗППП.

Если вам нужно сдать получить комментарии по результатам ПЦР, обращайтесь к автору этой статьи – венерологу в Москве с многолетним опытом работы.

  • Урология
  • Венерология
  • ВИЧ
  • Гарднереллез
  • Кондиломатоз
  • Молочница
  • Сифилис
  • Трихомониаз
  • Простатит
  • Баланопостит
  • Герпес
  • Гонорея
  • Микоплазмоз
  • Уреаплазмоз
  • Уретрит
  • Хламидиоз
  • ЗППП

Опубликовано 23 Май 2018 пользователем admin

Горизонтальные табы

Флороценоз NCMT – комплексная диагностика Realtime ПЦР-методом клинически значимых патогенных возбудителей инфекций, передающихся половым путем. NCMT – это аббревиатура четырех микроорганизмов:

  • Neisseria gonorrhoeae (гонорея)
  • Chlamydia trachomatis (хламидиоз)
  • Mycoplasma genitalium (микоплазмоз)
  • Trichomonas vaginalis (трихомониаз)

Данные микроорганизмы объединены в одну группу, так как они не должны присутствовать в нормальной микрофлоре ?здорового мочеполового тракта, в отличие от уреаплазмы (U.species), гарднереллы (G. vaginalis), кандид (C. albicans) и микоплазмы хоминис (M.hominis), наличие которых в незначительном количестве допустимо. Обнаружение NCMT-инфекции в соскобе является прямым показанием для медикаментозного лечения вне зависимости от наличия жалоб или симптомов.

При первичной диагностике половых инфекции необходимо одномоментное обнаружение сразу всех вероятных возбудителей, неполный спектр – недопустим. Это обусловлено тем, что каждый микроорганизм уничтожается определенным антибиотиком: универсального метода лечения, подходящего для всех патогенов сразу – не существует!

Флороценоз NCMT успешно прошел клиническое испытание относительно эталонного референсного теста CDC*, и по некоторым параметрам даже превзошел его. В целом, чувствительность и достоверность теста составляет 99%, что существенно выше иных методов (ИФА, РИФ).

Еще одним неоспоримым качеством анализа является его низкая цена, в сравнении с аналогичными ПЦР-методами обнаружения отдельных возбудителей.

Опасность ЗППП заключается в высокой вероятности развития осложнений: бесплодия, передачи инфекции новорожденным, тяжелых нагноительных процессов в малом тазу или присоединения ряда неспецифических воспалительных заболеваний. Например, у женщин это может быть?:

  • Вульвовагинальный кандидоз
  • Условно-патогенный микоплазмоз и уреаплазмоз
  • Бактериальный вагиноз
  • Аэробный вагинит

Перечисленные заболевания относятся к категории тех болезней, которые могут переходить в хронические формы и сопровождать женщин годами, поскольку малейшее переохлаждение приводит к обострению инфекционного процесса.

Тест «Флороценоз NCMT», прежде всего, показан при наличии наиболее вероятных симптомов половых инфекций:

  • Выделения из половых органов
  • Зуд в области половых органов
  • Боли внизу живота
  • Боли при половом контакте
  • Боли при мочеиспускании

* Domeika, M. et al. World Congress of Sexually Transmitted Infections and AIDS, New Deli, 2011

Ссылка на основную публикацию
Пульсометр на руку лучший
Если в вашем окружении появился бегун, то велика вероятность того, что и вы однажды обнаружите себя на старте какого-то забега....
Пузырный занос что это такое причины появления
Беременность и перинатальные исходы у женщин с диагнозом «пузырный занос» в анамнезе Анализируются особенности течения беременности и перинатальные исходы у...
Пузырь на губе у грудничка
3 минуты Автор: Анастасия Егорова 2172 Что это такое Причины появления Отличие молочной мозоли от патологий Что делать Новорожденный малыш...
Пункция костного мозга из грудины больно
Итак, пришла я на прием к завотделения гематологии больницы "Адаса Эйн Карем", профессору Дине Бен Иеуда. Очень приятная женщина средних...
Adblock detector